两税合并对不同的行业影响是不一样的。就行业而言，目前食品饮料、银行、通信运营、煤炭、钢铁、石油化工、商业贸易、房地产等行业的实际税负均大幅高于２５％，因此两税合并之后这些行业将受益较大。特别是银行和白酒行业的上市公司，不仅大多没有税收优惠，而且由于工资成本和其它费用不能据实在税前予以扣除，导致实际税负高于目前３３％的所得税税率，因此这两个行业的上市公司受惠最大
。
造纸等行业实际税负接近２５％，行业整体受益不大。且行业内已经有部分上市公司正在享受的优惠税率大大低于２５％，因此，机会主要来自于行业内实际所得税税率高于２５％的上市公司。而电力、有色金属冶炼、交通运输、生物医药、汽车、家电、机械设备、电子元器件等行业，由于实际所得税税负低于２５％，因此行业整体并不能享受到两税合并的好处。只有行业内实际所得税税率高于２５％的部分上市公司才能受益，如交通运输行业中的高速公路公司、汽车行业中的商用车龙头公司等。
根据上述分析，由于两税合并对饮料中的白酒业以及银行业影响最大，因此，从两税合并受益的角度来看，应积极关注银行、酿酒企业。这类公司主要有浦发银行、招商银行、兴业银行、民生银行、工商银行、中国银行、泸州老窖、贵州茅台、五粮液、古越龙山等。
在通信、石化、煤炭、钢铁等税率下降空间较大的行业中，重点关注中国联通、中国石化、兖州煤业、兰花科创、国阳新能、西山煤电、宝钢股份、武钢股份、鞍钢股份等上市公司。
另外，商业贸易中的华联股份、王府井、商业城、五矿发展，房地产中的北京城建、天房发展、中华企业、保利地产，医药中的白云山、片仔癀、广州药业，电力中的长江电力、漳泽电力，汽车中的宇通客车、中通客车，海运中的中原航运，铁路中的大秦铁路，公路中的福建高速、楚天高速、山东高速等值得关注。
当然，由于两税合并本身并未影响上市公司的核心竞争能力，也不改变上市公司的增长状况，有些公司税后净利可能因此而获得一次性提高，但公司的可持续增长仍然取决于公司的核心竞争力。因此，既要关注上市公司的税率变化，更要关注的是公司的持续经营能力和竞争能力，毕竟投资者的投资收益取决于公司持续的经营能力与盈利能力，取决于公司的成长性。
对于那些利润增长幅度有限且适用所得税税率较低的上市公司，虽然国家考虑到区域发展不平衡和产业扶持必然性，不可能一次性统一所有上市公司的所得税率，但是由于存在税制改革导致的短期利润一次性下调的风险，投资者也要有所防范。
