自2018年集采药用于临床，迄今已有6年。国家集采药品整体运行状况较好，但随着时序的增加，也出现了一些问题。
一是疗效欠佳；虽然缺乏临床试验支撑，但医生普遍反映，与进口药或原研药相比，集采药疗效欠佳。如，使用相同剂量的降压药，进口药可将血压控制稳定；而使用集采药，患者血压难以控制至正常水平或波动较大。再如，使用相同剂量的新型口服抗凝药，进口药可有效预防患者卒中发生和肺栓塞等；而使用集采药，患者发生卒中、肺栓塞的权重较大。这使得患者和医生对集采药产生不信任。
二是不良反应较大；医生普遍认为集采药出现不良反应的几率高于进口药或者原研药，病人换用集采药后，甚至出现过敏反应，说明其药物纯度不够，制作工艺有问题。
造成上述问题原因是集采药品价格过低，甚至低于成本价，使得集采药的质量得不到保证。集采药多为国产仿制，无研发成本，但其他成本仍然存在。不管是原研药还是集采药，都有其合理成本，如果，集采价格低于成本价格，则药物的质量很难得到保障。如：
氨氯地平（降压药）：进口（7片）每盒21.61元；集采（28片）每盒1.53元。进口药单片价格3.09元；集采药单片价格0.05元。二甲双胍（降糖药）：进口（0.5*20片）每盒19.15元；集采（0.25*100片）每盒3.56元。以相同有效剂量计算，进口药单片价格0.96元；集采药单片价格0.07元。二、主要损害
一是损害人民群众身体健康；集采药多数为基础病和慢病治疗药物，如果这些药的品质不良，在短期内较少看到其危害；但长期看，会使并发症的几率增加。如，血压长期不稳定可导致心、脑、肾和大动脉等血管疾病；血糖长期控制不佳会导致心、脑、肾、视网膜、周围神经病等多系统并发症。这些慢性并发症会严重损害患者身体健康和患者生活质量下降。
二是增加医保负担；集采药品疗效欠佳，会使大量患者出现心脑血管疾病等并发症，这些疾病治疗费用昂贵，最终会增加整体医保负担。
三是增加社会整体负担；冠心病、高血压、糖尿病等慢病的关键在于长期有效药物管理，避免发生并发症。如果集采药品质有问题，慢病患者出现的心脑血管病等并发症致残率很高。患者基本丧失劳动能力甚至自理能力，从而减少了社会生产力，增加了社会和家庭负担。
四是增加医患矛盾；集采药疗效不佳容易导致医患矛盾和纠纷增多。
